龚廷贤医学思想的形成受儒家思想影响颇深，认为“仁”即“王道”，主张“王道”行医，精勤不倦，博施济众；推崇“王道”医方，如六味地黄丸、八味丸、补中益气汤、六君子汤等，避免使用猛烈峻攻之药；采用诸家“王道”，反对攻邪治法，注重固护元气。
龚廷贤先生《万病回春》、《寿世保元》、《种杏仙方》、《鲁府禁方》、《云林神彀》六著作中均提及的病症共49类，
分别是：
1、中暑、2、乳病、3、五疸、4、健忘、5、伤食、6、口舌、7、吞酸、8、咳嗽、9、大便闭、10、妊娠、
11、小便闭、12、带下、13、折伤、14、杖疮、15、杨梅疮、16、水肿、17、泄泻、18、消渴、19、牙齿、
20、产后、21、疔疮、22、疥疮、23、痔漏、24、痞满、25、痢疾、26、疟疾、27、瘰疬、28、癜风、29、癣疮、
30、癫狂、31、眩晕、32、眼目、33、破伤风、34、积聚、35、结核、36、经闭、37、翻胃、38、头痛、39、脱肛、
40、腰痛、41、脚气、42、腹痛、43、臁疮、44、诸疮、45、诸虫、46、遗精、47、金疮、48、须发、
49、鼻病。
共有方：1、二仙汤，2、补阴汤，3、清温化痰汤，4、二术汤，5、通道散，6、滋阴明目汤，7、响声破笛丸，8、分消汤，9、滋阴至宝汤，10、启脾汤，
11、千斤内托散，12、十六味流气散，13、净腑汤，14、当归莲翘汤，15、治小儿爱吃泥方，16、清肺汤，17、枳缩二陈汤，18、疏经活络汤，19、行湿引气养血汤，20、温饮汤，21、洗肝明目汤，22、竹茹温胆汤，23、润肠汤，24、清上蠲痛汤，25、舒筋立安汤，26、清上防风汤，27、芎归调血饮共二十七方
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